在污水處理過程中，細菌及大部分寄生生物留存在污泥中，病毒可以吸附在污水中的顆粒上，隨顆粒的沉淀也沉積到污泥中。
生污泥中病原菌的數量每克以億計，這些微生物包括：大腸菌、大腸糞菌、糞鏈球菌、噬菌體、沙門氏菌、痢疾菌屬、銅綠色極毛桿菌、寄生蟲卵/幼蟲、蛔蟲、鞭蟲、群體鞭蟲、弓蛔蟲、膜翅目幼蟲、腸道病毒等。
由于市政污水的來源是人類生活環境、大腸菌、大腸糞菌、糞鏈球菌等是哺乳動物直腸正常的排出物、它們的數量在污水和污泥中基本保持恒定。而其它各種病原菌如沙門氏菌、痢疾菌、腸道病毒（例如脊髓灰質炎病毒、柯薩奇病毒、肝炎病毒、輪狀病毒）和寄生生物（例如蛔蟲、鞭蟲、內阿米巴蟲）在污水/污泥中的比率同當地傳染病的流行有關。
顯然，機械脫水后的污泥如果處置不當，進入人類的食物鏈，必然會導致疾病的傳播。
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